Sekolah Kebangsaan Bayan Lepas 2 ini mula dibina sekitar tahun 2006. Tapak bangunan ini asalnya adalah bekas tapak sawah padi dan paya bakau. Sebahagian besarnya adalah tanah milik Allahyarham Dato’ Kailan, ibu kepada bekas Perdana Menteri Malaysia, Dato Seri Abdullah Haji Ahmad Badawi yang merupakan anak jati kawasan Bayan Lepas, Pulau Pinang.

SK Bayan Lepas 2 siap sepenuhnya pada tahun 2009 terletak dalam lokasi 5°17’17.5’N 100°15 28.8°E . Sekolah ini berada di dalam Mukim 11 di bawah seliaan Dewan Undangan Negeri Bayan Lepas dan pengurusan komuniti di bawah Dewan Parlimen Balike Pulau. Jarak sekolah dengan pusat bandar, Georgetown adalah sejauh 25 KM. Pengurusan dan pentadbiran SKBL2 ini adalah di bawah penyeliaan Pejabat Pendidikan Daerah Barat Daya dengan pemantauan dari Jabatan Pendidikan Negeri Pulau Pinang.

Pada 4 Januari 2010, Sekolah Kebangsaan Bayan Lepas 2 mula beroperasi dengan kemasulan murid seramai 148 orang laitu dari Tahun 1 hingga Tahun 3. Terdapat 6 kelas dibuka iaitu Tahun 1 Aktif, 1 Bestari, 2 Aktif, 2 Bestari, 3 Aktif dan 3 Bestari. Kebanyakan murid-murid ini diambil dari murid-murid Sekolah Kebangsaan Bayan Lepas 1, Sekolah Kebangsaan Mutiara Perdana dan Sekolah Kebangsaan Permatang Damar Laut.

Seramai 14 orang guru telah melaporkan diri bertugas di SKBL2 pada 1 Disember 2009. En. Azlin bin Jambut telah diberi kepercayaan oleh Jabatan Pelajaran Negeri (JPN) untul menjalankan tugas selaku Penyelaras Sekolah Kebangsaan Bayan Lepas 2 mulal 20 November 2009.

Pada 31 Mac 2010, Puan Hajjah Zaharah bt Hajl Jaafar telah melaporkan diri untul menjalankan tugas rasmi sebagal Guru Besar Sekolah Kebangsaan Bayan Lepas 2 yang pertama. Sebelum ini, beliau bertugas sebagal Penolong Kanan 1 di Sekolah Kebangsaan Sungai Pinang, Balik Pulau, Pulau Pinang. Sebagai sekolah yang baru, SKBL2 telah dilengkapi dengan pelbagai Remudahan dan prasarana yang terpini bagi menyempurnakan proses pengajaran dan pembelajaran berjalan lancar dengan kerjasama yang Jitu dari komuniti setempat dengan bimbingan Allahyarham Dato’ Syed Asmadi Bin Syed Ahmad.